妊娠合并再生障碍性贫血没有特效治疗方法，以支持治疗为主。怀孕后病情容易加重，建议治愈后再怀孕。如果已经怀孕，建议在孕早期做输血准备的同时行人工流产。如果错过孕早期的流产，中晚期孕妇终止妊娠有较大风险，需要由产科医生和血液科医生共同管理，以支持疗法为主。
一、一般治疗
对于轻症患者和孕中、晚期患者可采取支持治疗进行观察，主要是通过加强孕期营养，间断吸氧，少量、多次的间断输入的新鲜血液后，根据血常规指数进行成分输血，包括白细胞、浓缩红细胞或血小板，用以缓解贫血体征。
二、药物治疗
1、肾上腺皮质激素：当有明显出血倾向时，应给予肾上腺皮质激素，如泼尼松，但不宜长时间使用。另外还可选用羟甲烯龙，它可以刺激红细胞生成。　　
2、抗生素：当患者出现发热、神疲乏力等感染表现时，早期应给予有效的广谱抗生素，用以控制感染。
3、缩宫素：当患者已经完成生产时，可给予一定剂量的缩宫素，预防产后出血，配合抗生素使用，预防产后感染。
三、手术治疗
1、治疗性终止妊娠：再障患者应在病情稳定获得医师认可的前提下有计划地妊娠，当妊娠后病情不稳定需要进行治疗性人工流产终止妊娠，需要进行备血等术前准备,加强手术前后的全身监护。
2、剖宫产手术：当有产科剖宫产指征时进行剖宫产手术，注意手术中的止血，胎盘母体面是否完整，一般不切除子宫。