虽然相比较人工流产而言，药流可能对子宫内膜的创伤比较小，但是仍然可能会引起不孕症的风险。相比较人工流产而言，药物流产如果流得比较干净，没有清宫，就不会对子宫内膜造成创伤，造成术后宫腔粘连的可能性。药流仍然有一定的导致不孕症的风险，比如药流之后，阴道出血时间要比人工流产出血时间要长，也有可能会有药流残留的风险，这种情况下就可能会出现药流后的感染。
感染如果没有及时治疗，会导致慢性的盆腔炎症，会导致输卵管周围粘连，甚至输卵管积水的风险，导致输卵管性不孕。同时，药物流产如果没有流干净，或者药流失败，需要清宫，也有可能会导致宫腔粘连的风险，因此，建议不要做没有指征的终止妊娠操作，包括人工流产和药物流产。