慢性结肠炎根据病因的不同，疾病的不同，所表现出来的症状不同。如果是以腹痛、大便习惯改变的慢性结肠炎，也就是肠易激综合征，往往只是腹痛伴有腹泻，有的时候可以伴有黏液便，但是没有脓血。但如果是慢性感染性的腹泻，比如慢性菌痢引起的腹泻，或者是阿米巴引起的腹泻，可以出现腹痛，也可以出现大便不成形，甚至大便带血。
对于溃疡性结肠炎所引起的症状，除了腹痛、腹泻、黏液血便外，还可能会伴有全身症状，比如发热、消瘦，有的时候还伴有结肠外症状，比如关节疼痛、皮肤红斑、结节、口腔溃疡，严重的患者可能还会导致眼部的病变。