由于阴道内胚窦瘤病因尚不明确，目前无有效预防措施，但定期体检，定期进行儿童保健，早就诊可提高对该疾病的诊断及治疗几率。
阴道内胚窦瘤是发生于婴幼儿阴道的较少的恶性肿瘤，其病因不明，可能起源于胚胎细胞，可能是在生殖细胞迁移的决定期缺乏胚胎的组织导体，导致生殖细胞错位进入阴道上段所致，该病目前尚无有效预防措施。