治疗儿童亚急性心内膜炎的最重要的措施就是应用抗生素治疗细菌性心内膜炎，根据患者的情况选择手术治疗。亚急性心内膜炎常用的抗生素有青霉素，链霉素，头孢菌素等杀菌剂，它们能穿透血小板-纤维素的赘肉生物基质杀灭细菌，达到根治瓣膜的感染，减少复发的危险。治疗时抑菌剂和杀菌剂可以联合使用，而且要足疗程足剂量的应用抗生素。