贲门癌也有一些不同的位置，而这些不同的位置决定了贲门癌转移部位的复杂性，但总的而言最常见的转移部位是区域淋巴结，这种区域淋巴结既有可能是胃小弯的淋巴结，也有可能是胃大弯的淋巴结，还有可能是贲门上方的纵隔淋巴结，这是最常见的转移部位。
除此之外，还有一部分贲门癌会出现血道转移，这个最常见的转移脏器，主要为肝脏，还有沿着胃壁呈跳跃性转移，出现这种胃内的转移。再往后发展可以进一步发展到，比如远处的淋巴结转移，像锁骨上淋巴结转移或者腹腔内淋巴结转移，还有像肺脏转移等，但是最常见的转移部位，概括起来是区域淋巴结的转移。