分离性遗忘的治疗在急性期主要是稳定情绪、减轻情感障碍，抑郁症状用抗抑郁药治疗，焦虑、恐惧、失眠用苯二氮䓬类药物治疗，自杀企图用碳酸锂治疗；恢复期主要通过心理治疗等综合治疗方式减少应激，改善或完全消除患者的症状并预防复发。
一、药物治疗
分离性遗忘的患者在急性期时常有焦虑、抑郁、失眠、疼痛等症状。可使用对应的药物治疗，从而改善患者的情绪，减轻患者的躯体不适感。应从小剂量开始，逐渐增加至治疗量，尽可能单一用药，疗程要长。
1、选择性5-羟色胺再摄取抑制剂：可用于改善情绪，主要包括氟西汀、帕罗西汀、氟伏沙明、舍曲林、西酞普兰等。
2、苯二氮䓬类药物：可减轻焦虑及改善睡眠，主要包括氟西泮、氟硝西泮、劳拉西泮、奥沙西泮等。
3、碳酸锂：主要用于有自杀企图的患者治疗。
二、手术治疗
该病一般无需手术治疗。
三、心理治疗
帮助患者疏导心理社会应激，消除不良生活事件的影响，针对性格和人际关系缺陷予以相应心理矫正等。主要包括：
1、暗示疗法：医生通过谈话或其他方法，将患者潜意识心理内容及过程转化为意识，引导患者接受指示，正确对待并治疗疾病，发现患者内心的心理冲突引导患者接受指示，这样可以帮助来访者更好地理解自己的心理和行为，更好地驾驭自己的生活。但治疗是长期且困难的，患者要找回记忆和处理过去的心理创伤。
2、系统脱敏治疗：让患者想象某个他们害怕的情境，治疗师使用相关技术帮助来访者放松，应对他们感到恐惧的情境，最后消除焦虑。即彻底暴露在一个真实情境中的目标，通过放松反应来应对一种让人焦虑的情境，来访者逐渐变得对原来的恐惧反应不敏感，学会用放松去做出反应。

3、催眠疗法：通过暗示使患者进入一种精神恍惚、顺从依附的特殊意识状态，从而达到治疗目的。
四、其他治疗
1、分离性遗忘一般不采取电休克治疗，因为有病例报告，电休克可恶化分离性遗忘。

2、待精神症状有一定缓解时，进行松弛训练和认知行为训练，帮助患者解决生活上的困难，使患者早日回归社会。