PCP治疗首选复方新诺明，口服双剂量片也就是强化片，每8个小时口服1次。如果是AIDS合并PCP，疗程三周，非AIDS患者疗程是两周，这不是固定的，需要根据实际情况进行判断。一般来讲，经过复方新诺明治疗4-8天才能够判断是否有效果，如果无效再改用其他的药物治疗。其他的药物，氨苯砜口服、克林霉素静滴或口服、伯氨喹啉等。目前的认为HIV感染合并pcp的时候应该考虑使用糖皮质激素进行辅助治疗，糖皮质激素能够抑制pcp的炎症反应和pcp对肺的损伤，降低死亡率。