小孩先天性巨结肠手术费用一般需要2万元到5万元之间，具体费用需要根据所处的医院级别及当地物价等方面来决定。若患者的病情较轻微，可以采用微创型手术治疗，微创手术价格一般是在2万元到3万元左右；较严重的患者，则需要采用传统手术进行治疗，费用大概是在4万元到5万元左右。不管是哪一种手术方法，都建议要尽早就医做治疗，拖延的时间越久越不利于后期恢复。