经皮肝穿刺胆管造影检查风险相对较大，主要包括胆汁瘘、胆汁性腹膜炎以及胆道出血、胆系感染、气胸或血胸等风险。
1.胆汁瘘、胆汁性腹膜炎：常由于注入造影剂时胆道压力过高，引起胆汁外漏造成。
2.胆道出血：经皮肝穿刺胆道造影成功后，有少量血性胆汁较常见，一般不需特殊治疗，可自行缓解。如大量出血者，应进行胆管造影，必要时肝动脉造影以了解出血原因。
3.胆系感染：患者可出现败血症，严重者甚至可出现中毒性休克。
4.气胸或血胸：为穿刺导管穿过胸膜腔时引起，较为少见。