基底动脉尖综合征的治疗首选动脉取栓，因为基底动脉尖综合征是一种非常危重的急性脑血管病，主要是由于基底动脉主干或者双侧椎动脉主干闭塞所引起。
由于是后循环大血管闭塞，静脉溶栓的有效率比较低。因此，血管内取栓成为了抢救病人生命的最重要治疗手段。
如果患者起病时间在6小时以内没有取栓禁忌症，应积极取栓治疗，有些病人在24小时以内结合多模式影像学检查都能够进行血栓治疗。
除取栓外，还可结合静脉溶栓、抗血小板、抗凝、稳定斑块、保护血管内皮、营养神经以及活血化瘀、康复等治疗手段。