5-氟尿嘧啶的不良反应主要表现为恶心、呕吐、食欲减退、腹胀等消化道症状，一般剂量并不严重。偶见口腔黏膜炎或溃疡，腹部不适或腹泻等表现。血白细胞减少常见，大多在疗程开始后2-3周内达到最低点，血小板减少罕见。极少数情况下可以发生咳嗽、气急或小脑共济失调的表现。脱发，或注入药物的静脉可以引起皮肤的色素沉着。静脉滴注处药物外渗，可引起局部的疼痛、坏死或蜂窝组织炎。长期应用氟尿嘧啶类药物可以导致神经系统的毒性。