吸入性肺脓肿最常见的致病菌是厌氧菌，厌氧菌在无氧或低氧环境下可以正常生存。当厌氧菌通过口、鼻、咽部进入人体，正常情况下身体的免疫细胞会迅速防御清除这些厌氧菌，所以不会发病。当患者免疫力低下，过度疲劳时这些病原菌大量繁殖，就会发生病变，可诱发吸入性肺脓肿。另外，真菌、金黄色葡萄球菌、链球菌也可引起吸入性肺脓肿。