原发性三叉神经痛是相对于继发性三叉神经痛而言，原发性三叉神经痛主要是指病因不是很明确三叉神经痛，但是，目前随着诊疗技术的发展与提高，已经发现了其中的一部分病因，比如血管和神经之间压迫，使局部发生脱髓鞘变化，相当于两根挨在一起的电线，本来之前是有绝缘层包绕的，三叉神经痛就相当于两根电线之间的绝缘层已经没有了。另外，其他的病因有病毒感染、岩骨嵴异常变异产生机械性压迫等原因，导致沿三叉神经区域分布的剧烈疼痛。