1、超声检查：明确膀胱子宫内膜异位症时，超声表现为凸向膀胱内的不均质肿块，表面光滑，形态欠规则，无乳头状突起，内有细弱点状高回声，局部可呈“筛网状”结构，团块内部可见少量条状血流信号，为低速低阻型动脉频谱。输尿管异位症超声可仅表现为输尿管狭窄，肾盂分离扩张，肾盂积水，没有结石回声。肾脏子宫内膜异位症超声示肾脏占位，肾脏囊性病变，肾脏积水，追查有时可发现该病变随月经周期而改变。
2、血清学检测：血清CA-125在子宫内膜异位症患者中呈高表达，对治疗过程中病情变化的监测很有意义，血清抗子宫内膜抗体对诊断子宫内膜异位症的特异性很强。但是，血清学检测对发病部位没有特异性，大多数泌尿系统子宫内膜异位症都合并有妇科子宫内膜异位症。所以，血清学检测只对那些因泌尿系统症状就诊的患者有一定的诊断意义。
3、膀胱镜、输尿管镜：在膀胱镜下膀胱子宫内膜异位症典型表现为经前增大隆起的黏膜下肿块，呈暗红褐色或紫色结节或囊肿性肿块，表面呈乳头状并有泡状物相间。基底部宽，镜端触之似有波动感。在月经期以后，囊性突起消退，肿块蓝色变浅。膀胱镜下膀胱癌多表现为膀胱内黏膜表面外生性赘生物，而膀胱子宫内膜异位多表现局部隆起黏膜下肿块样改变。当病变侵犯膀胱黏膜时可通过活检病理证实，但当异位在膀胱浆膜层与肌层时，膀胱镜下活检因深度不够，很少能确诊。输尿管镜检可见输尿管段褐色占位，行活检病理检查如提示子宫内膜异位症可明确诊断。
4、尿路造影：以排泄性尿路造影最具价值，可显示梗阻部位、程度和输尿管腔的充盈缺损。
5、CT检查：膀胱子宫内膜异位症CT表现为肿块凸向膀胱内，基底部较宽，边界不明显，密度均匀，有轻度强化。输尿管子宫内膜异位症CT多提示肿块将输尿管包裹，输尿管狭窄或闭锁，输尿管上段扩张并肾积水，下段炎性狭窄可能。
6、MRI检查：膀胱子宫内膜异位MRI表现，膀胱中度充盈，其后壁内见一软组织信号结节，局部膀胱壁略增厚，膀胱内膜尚光整，横断位T1WI示膀胱左后壁结节呈类似盆壁肌肉信号，T2WI示结节呈低信号，增强扫描矢状及冠状位T1WI示膀胱后壁结节轻度强化，但膀胱内膜光滑清晰。肾脏子宫内膜异位症MRI上该病变信号一般呈长T1和长T2，出血性囊肿则T1、T2WI上为均匀一致的高信号，有纤维肌性组织增生或细胞沉渣的囊实性混合性肿物的MRI信号不均匀，典型表现为单囊或多房含血的囊性肿块，“卫星囊”样改变是其特征表现。