治疗脑神经衰弱在临床上主要应用抗焦虑、抗抑郁的药物，比如说氟哌噻吨美利曲辛、圣.约翰草提取物、草酸艾司西酞普兰片等药物，同时也要配合心理治疗，必要时在心理医师的指导下进行一些认知疗法或者森田疗法等治疗。
如果患者神经衰弱比较严重，出现严重的睡眠障碍，可以应用右佐匹克隆、艾司唑仑、阿普唑仑、唑吡坦片等来改善睡眠，对于神经衰弱较严重的患者，可以应用氯氮平等药物。
对于治疗神经衰弱，中医、中药也有一定的疗效，根据病人的舌苔、脉象给予中药汤剂的调理，同时配合针灸来缓解。