原因很多，主要见于低血红蛋白（缺铁）、缺氧、维生素缺乏、甲状腺机能亢进、冠心病、风湿热、某些病菌感染（如梅毒、真菌、伤寒菌等）的疾病和职业性强酸强碱及石油生产者。寻常型银屑病，银屑病早期，很多病人的指甲表面可以出现凹陷，而这些凹陷相对独立，密集排列，所以有人称为顶针状外观。真菌感染，也就是灰指甲，在灰指甲的早期，也可以出现一些点状的坑。另外，其他疾病比如扁平苔癣，也可以在指甲表面出现小坑，而且逐渐增多。除此之外，还有甲营养不良，也可以在指甲表面出现不同的坑。