急性肠系膜淋巴结炎发病机制目前尚不十分清楚，常在上呼吸道感染后继发，一般由病毒感染引起，如柯萨奇病毒、EB病毒、腺病毒等，少数由细菌感染、寄生虫等引起。也有学者认为，肠道蛔虫、肠炎在肠系膜淋巴结急性发病病程中起到一定的关系。
1、病毒感染：临床资料已证实，肠系膜淋巴结炎的主要致病因素是CoxsackieB病毒及其毒素，病毒及其产物经血循环到达回肠系膜，引起淋巴结的急性炎症。
2、细菌感染：链球菌及金黄葡萄球菌也是引起本病的重要因素，这些化脓菌及其产物，从原发病灶经血行或淋巴途径引起肠系膜淋巴结的急性感染，炎症通常较为剧烈。
3、寄生虫感染：肠道内的细菌及寄生虫，如沙门氏菌、耶尔森菌、血吸虫、阿米巴原虫等，可经肠壁直接侵入肠系膜淋巴结内，引起特殊性炎症，但临床上较少见。
4、疾病因素：肠道蛔虫、肠炎亦有一定关系，当蛔虫的幼虫由肠壁进入肠系膜淋巴系统，将肠腔里的细菌带入肠系膜淋巴结内，在机体抵抗力较低时，导致肠系膜淋巴结急性感染。