心脏黏液瘤发生机制尚不十分清楚，目前尚无特效的预防方法，所以心脏黏液瘤一旦确诊应尽早安排手术治疗，因为手术是本病惟一有效的治疗方法。在确诊到手术之前这段时间内，患者应尽量减少活动，以防瘤体嵌顿而致猝死。
一、药物治疗
心脏黏液瘤无特异有效的药物治疗。
二、手术治疗
1、微创手术：胸腔镜辅助的右侧胸廓切开微创手术用于治疗黏液瘤，采用跨房间隔方法，切除左心房的黏液瘤，这是一种可行且耐受性良好的完全性切除肿瘤的方法。微创手术具有美容的优势，并且通过胸腔镜提供了左心房内部的极佳视图。但是，微创胸廓切开术的手术范围有限，所以正确识别肿瘤的位置非常重要。
2、复杂的大型黏液瘤：大多数良性心脏肿瘤可以通过常规外科手术安全地完全切除，但有极少数的左心良性肿瘤由于其位于左心后壁的位置或者具有较大的尺寸，导致其在解剖学上难以暴露。这种情况下进行常规手术，有时会因难以暴露，手术视野不足，无法完整地切除肿瘤而导致不良的长期后果。所以采用了移除心脏，离体切除和重建，心脏再植入的方案，也称为心脏自体移植。