双醋瑞因胶囊的副作用主要是轻度腹泻，一般在服药的1-2周之内可能会出现，当患者逐渐耐受之后，一般治疗可能会逐渐消失，甚至完全消失。还有上腹的疼痛、恶心、呕吐，另外本品也会出现尿液变黄的情况，它属于正常的现象，无需干预。
长时间服用双醋瑞因，以及加用一些其他的药物，要注意肝肾功能变化、肝脏酶学变化等。本药物可以长时间服用，而且特别适用于骨性关节炎形成疼痛，因为它起效比较慢，一般是在2-4周之后才能够起效，所以需要长期服用。