1、食管pH值监测：食管pH监测24小时动态食管下端pH监测，可根据参数判断婴幼儿胃食管反流及疗效。被认为是诊断胃食管反流的“金标准”，目前常结合生物电阻抗判断非酸反流和气流反流。
2、电子胃镜：能直观判断食管黏膜病变程度及有无Barrett食管。
3、食管测压：能显示食管括约肌压力低下、频发的食管括约肌一过性松弛及食管蠕动收缩波幅低下或消失。食管测压仅推荐用于治疗前和术前评估，不建议作为Barrett食管的诊断依据。
4、上消化道钡餐造影：主要用于排除食管裂孔疝、贲门失弛缓症、胃扭转等等疾病，不建议作为婴幼儿胃食管反流的诊断依据。
5、胃食管放射性核素闪烁扫描：放射性核素扫描患儿吞服99mTc标记液体，定时γ照相，可观察食管廓清、胃食管反流、胃排空。肺内核素增强时表示反流是肺部病变原因，多用于科研，临床少用。