常见的致病性衣原体包括肺炎衣原体和沙眼衣原体，肺炎衣原体可引起人体上下呼吸道感染，其对四环素类及红霉素类抗生素极为敏感，一般选择阿奇霉素或克拉霉素，疗程10～14天，必要时可考虑第2个疗程。沙眼衣原体感染可引起沙眼及泌尿生殖系统感染，一般推荐使用阿奇霉素、强力霉素或红霉素碱、氧氟沙星，疗程为7天。对婴儿及儿童沙眼衣原体感染，一般用红霉素碱和琥乙红霉素，疗程为14天。