肠结核发病原因主要是人型结核分枝杆菌引起，其次也可能是饮用未消毒的奶制品、血行播散、直接蔓延导致。
1、人型结核分枝杆菌引起：90%以上的肠结核主要由人型结核分枝杆菌引起，多因患开放性肺结核或喉结核而吞下含菌痰液，或常与开放性肺结核病人共餐而忽视餐具消毒等被感染。
2、少数因饮用未经消毒的带菌牛奶或奶制品，导致发生牛型结核分枝杆菌肠结核。
3、血行播散：见于粟粒型肺结核，病原菌经血液循环播散至肠道引起。
4、直接蔓延：由腹（盆）腔内结核病灶直接蔓延，导致发生肠结核。