女性肾囊肿的发病原因有先天性因素和后天性因素两种。
一般先天性因素，如先天的发育不良、基因突变等情况，这是因为胚胎在形成的过程中，由于先天性因素使基因发生突变，从而引起肾囊肿，肾囊肿的形成多是先天性因素引起的。
后天性因素就是各种感染，感染会加速囊肿的生成，常见的感染有尿路感染、上呼吸道感染、皮肤感染等，后天性因素多是肾囊肿加重的因素。肾囊肿多是良性病变，早期是不需要特殊治疗的，只需要定期做泌尿系彩超及肾功能等检查，监测肾囊肿大小及肾功能的情况，如果肾囊肿不断增大需要及时手术治疗。