幽门螺杆菌是一种螺旋状的、革兰阴性的、微需氧性的细菌。由于胃内有高浓度的胃酸，一般细菌是不能在胃内生长的，但是由于幽门螺杆菌能产生大量的尿素酶，分解出的氨能够中和胃酸，可以使局部的pH值升高以至于可以让它在胃内定植。
幽门螺杆菌产生的超氧化物歧化酶和过氧化氢酶能够保护其不受中性粒细胞的杀伤。同时幽门螺杆菌还能产生多种的黏附因子，能使其紧密的黏附于胃的上皮表面，引起不同程度的胃黏膜损伤。