目前无根治复发性阿极弗他溃疡的特效方法，以对症治疗为主，并将减轻疼痛、促进溃疡愈合、延长复发间歇期作为治疗的目的。优先选择局部对症治疗，对于症状较重及复发频繁的患者，采用局部和全身联合用药。
一、药物治疗
1、局部用药：目的是消炎、止痛、防止继发感染、促进愈合，是改善复发性阿弗他溃疡症状有效方法，常用的药物有：
（1）消炎类药物：
（1）羧甲基纤维素钠、山梨醇为基质，加入金霉素、氯己定以及表面麻醉剂、糖皮质激素等制成的药膜。
（2）0.1%曲安西龙(去炎松、醋酸氟羟泼尼松)软膏。
（3）0.1%高锰酸钾含漱剂、利凡诺、0.02%呋喃西林液、3%复方硼砂溶液、0.02%盐酸双氯苯双胍己烷(氯己定)液以及聚维酮碘溶液，以及三氯生含漱液等。
（2）止痛类药物：包括利多卡因凝胶、喷剂，以及苯佐卡因凝胶、苄达明喷雾剂、含漱液等。仅限在疼痛难忍严重影响进食和生活质量时使用，以防成瘾。
（3）促进愈合类药物：包括重组人表皮生长因子凝胶、外用溶液，以及重组牛碱性成纤维细胞生长因子凝胶、外用溶液等。
（4）糖皮质激素类药物：曲安奈德口腔糊剂、地塞米松软膏、喷雾剂、含漱液、泼尼松龙软膏、倍他米松含漱液、氢化可的松黏附片、氟轻松乳膏、丙酸倍氯米松喷雾剂、乳膏等。
（5）局部封闭：对经久不愈或疼痛明显的重型复发性阿弗他溃疡，可作溃疡黏膜下封闭注射，常用曲安奈德混悬液加2%利多卡因液；或醋酸泼尼松龙混悬液加2%利多卡因液。
（6）其他局部制剂：氨来呫诺糊剂或口腔贴片、甘珀酸钠含漱液、环孢素含漱液、5-氨基水杨酸乳膏等。
2、全身用药：目的是对因治疗、减少复发、争取缓解。全身治疗希望在消除致病因素、纠正诱发因子的基础上，改变复发性阿弗他溃疡的发作规律，延长间歇期，缩短溃疡期，使病程得到缓解，常用的药物和方法有：
（1）糖皮质激素：包括泼尼松、地塞米松、泼尼松龙等，需注意该类药物有抗炎、抗过敏、降低毛细血管通透性、减少炎性渗出、抑制组胺释放等多重作用，但长期大剂量使用可出现类似肾上腺皮质功能亢进症、向心性肥胖、痤疮、多毛、闭经、乏力、血压升高、血糖尿糖升高、骨质疏松、胃肠道反应、失眠、血栓症等不良反应。已有感染者或胃溃疡者可能加重，长期使用后骤然停药可能引起停药反跳反应。
（2）免疫抑制剂：包括沙利度胺、硫唑嘌呤、环磷酰胺、秋水仙碱、甲氨蝶呤、环孢素、己酮可可碱等。这类药物长期大量使用有骨髓抑制、粒细胞减少乃至全血降低、肾功能损伤等副作用，可见恶心、呕吐、皮疹、皮炎、色素沉着、脱发、黄疸、腹水等不良反应，故使用前必须了解肝肾功能和血象。
（3）免疫增强剂：包括转移因子、胸腺肽、丙种球蛋白等，其中主动免疫制剂有激发机体免疫系统产生免疫应答的作用。
（4）生物治疗：如干扰素α-2a、粒-巨噬细胞集落刺激因子、前列腺素E2、阿达木、依那西普、英夫利昔单抗。
二、手术治疗
本病一般无需手术治疗。
三、物理治疗
复发性阿弗他溃疡可用Ga、Al、As、He-Ne等激光疗法，以及超声波雾化疗法、微波疗法、毫米波疗法、紫外线疗法、达松伐尔电疗法、冷冻疗法。
四、心理治疗
由于重症复发性阿弗他溃疡患者多数有恐癌等心理问题，所以适当的心理治疗十分必要。
五、中医治疗
1、成药：昆明山海棠片内服，有良好的抗炎和抑制增生作用，抑制毛细血管通透性，减少炎性渗出。毒副作用较小，但长期使用应注意血象改变和类似肾上腺皮质激素的副作用。
2、针灸：可视溃疡部位不同而选用人中、地仓、承浆、颊车、廉泉等头面部的穴位，辅以手三里、足三里等穴位。