根管治疗是目前治疗牙髓炎和根尖周炎首选的治疗方法，牙髓炎也就是牙神经发炎，此时进行根管治疗时会有疼痛。因为牙髓组织没有完全坏死，所以第一次进行根管治疗时，需要在局部麻醉下进行，也就是局部打麻药，然后进行局部的失活或者局麻下拔除牙髓。因为注射了麻药，所以进一步治疗也可以耐受，不会非常疼。
根尖周炎由于牙髓组织已经完全坏死，所以首次治疗也不会特别疼。治疗后包括根管预备和根管充填步骤时，不会特别疼，所以整个根管治疗应该在可以耐受的程度范围之内。根管预备和根管充填治疗完成以后，有的病人会有患牙的局部胀痛、不适，以及咀嚼会有不舒服，在3-5天以后反应就会逐步消失。