萎缩性咽炎的预防主要是锻炼身体，戒烟、戒酒，少吃刺激性食物刺激咽喉，改善咽部与相邻器官的炎症，积极治疗基础疾病，如高血压、高血糖等，同时有基础疾病的患者还要定期做纤维鼻咽喉镜等检查。
（1）通过锻炼身体增强体质，避免反复感冒，避免急性咽炎反复的发作。
（2）改善咽部与相邻器官的炎症，比如鼻炎患者要积极治疗鼻炎；支气管炎或者是下呼吸道的炎症等，要积极的治疗下呼吸道的炎症；长期张口呼吸，晚上睡觉打呼噜的患者，应积极查找导致张口呼吸的原因，尽量改善；慢性扁桃体炎、牙周炎患者，要积极治疗慢性扁桃体炎、牙周炎。
（3）要戒烟、戒酒，尽量避免食用刺激东西刺激咽部。改善全身营养不良、贫血、消化系统不好、反酸刺激等。
（4）积极治疗高血压、高血脂、高血糖、消化系统疾病、呼吸系统疾病、内分泌系统疾病、兔疫系统疾病等。糖尿病患者要控制血糖，高血压患者要控制血压，缺乏维生素人群要补充维生素。