马尔堡病毒病需要与埃博拉出血热、拉沙热、疟疾、细菌感染等疾病进行鉴别诊断。
1、埃博拉出血热：与马尔堡出血热在传染源、传播途径、疫区分布等多方面极其相似，通常无融合性皮疹，可通过病原学和血清学检测相鉴别。
2、拉沙热：一般起病隐匿，主要症状为全身不适、发热、头痛、咽喉痛、咳嗽、恶心、呕吐、腹泻、肌痛及胸腹痛等；早期可见淋巴细胞减少，后期中性粒细胞增多；可通过病原学和血清学检测与马尔堡病毒病鉴别。
3、疟疾：典型症状为间歇性寒战、高热，继之大汗后缓解，血涂片可找到寄生虫，应用抗疟药治疗有效。
4、细菌感染：细菌感染也可出现高热，细菌感染血常规检查通常表现为白细胞计数升高，血培养可帮助诊断。