眼球震颤阻滞综合征的治疗目前并不十分完善，主要是通过手术治疗，加以功能锻炼，目前临床上并无有效的药物可治疗该病，一般治疗周期为3个月。
一、药物治疗
目前临床上无药物治疗方式。
二、手术治疗
双眼内直肌后徙：适用于内斜视，特别是辐辏过强的内斜视。球结膜切口以内直肌徙后为例，具体过程为应用角膜缘切口方法，分离球结膜与眼球筋膜的联系，充分暴露巩膜。分离眼肌两侧筋膜与巩膜的联系，充分暴露内直肌，在肌腱上下两端各预置肌腱1/2-1/3宽的双套环缝线一根，从附着点处剪断内直肌，将断端缝合固定于巩膜新附着点，打开双眼检查矫正是否满意及术眼内转是否受限，缝合球结膜，但是该手术效果不肯定，预后一般。
三、其他治疗
可通过双眼视功能的康复训练来改善代偿头位。