戊二醛消毒液常用于医疗用品的器械消毒和灭菌处理，在医疗器械中常用于内镜类消毒，如胃镜、肠镜、十二指肠镜，常温下需要浸泡10分钟，而支气管镜要浸泡30分钟，有结核或者其它特殊感染的病人使用的内镜应浸泡不少于45分钟。
而外科用医疗器械的消毒时间是浸泡60分钟，使用前要用无菌水冲洗干净。医疗器械浸泡灭菌是指清洗后的器械放入戊二醛溶液中浸泡10小时，随后用于手术，在使用前也要用无菌水冲洗干净。