支原体感染用喹诺酮类的药物莫西沙星，对支原体也具有很好的疗效。首先早期应用抗生素可以减轻症状，缩短病程，由于肺炎支原体本病有自限性，多数病例不经过治疗也可以治愈。但是目前大环内酯类抗生素如红霉素仍然是肺炎支原体感染的首选药物，如罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素效果也很好，而且不良反应少。
喹诺酮类除了用莫西沙星之外，还可以用左氧氟沙星，四环素类的药物也可用于支原体肺炎的治疗，疗程一般2-3周。由于支原体没有细胞壁，青霉素或头孢菌素等抗生素治疗无效。