卡氏肺炎通常确诊依靠病原学检查，从呼吸道或者是肺组织标本中检出含有八个子孢子的包囊，是卡氏肺炎确诊的依据，而未成熟的菌体内可见2、4或6个染色呈红色点状小体。通常病原体的检测方法是依靠痰液检查，盐水雾化、诱导排痰可以提高检出率，或者是用支气管肺泡灌洗术，也可以收集30-40mL的标本，敏感率可达到95%-99%。而纤维支气管肺组织活检术，通常是明确合并其它病原体感染，对于肺炎的诊断要点是：
第一、要有器官移植和肿瘤病史，免疫缺陷和其他免疫功能低下的病史。
第二、有呼吸道感染的症状，表现为干咳、呼吸困难、严重的低氧血症，提示为Ⅰ型呼吸衰竭。
第三、AIDS患者血中CD4+的细胞低于0.2×10^9/L考虑卡氏肺炎的可能性很大。
第四、肺部影像学表现为肺泡或者是间质性改变。
第五、病原体检测到肺孢子菌或者是肺孢子菌成分是诊断的重要依据。