1、按照结石的化学成分分类：
（1）胆固醇类结石：呈白黄灰黄或黄色，形状和大小不一，小者如小米粒，大者直径可达数厘米，呈多面体、圆形或椭圆形，质地较硬，表面多光滑，剖面呈放射性条纹状。胆固醇结石，包括纯胆固醇结石和混合性结石，后者由胆固醇、胆红素、钙盐等多种成分混合组成，根据所含成分的比例不同而呈现不同的形状、颜色和剖面结构。
（2）胆色素类结石：分为淡色素钙结石和黑色素食，前者为游离胆色素，与钙等金属离子结合而成，并含有脂肪酸、胆汁酸、细菌、粘多糖蛋白等成分，其质地比较软、易碎，呈棕色或褐色，故又称为棕色石，胆管结石以此类为多见，结石形状大小不一，一般为多发。黑色素石不含细菌，质地比较硬，有不溶性的黑色胆色素多聚体、各种钙盐和黏液、糖蛋白组成，相对比较少见。
（3）其他结石：还有碳酸钙、磷酸钙或棕榈酸钙为主要成分的少见结石。
2、按照结石发生的部位分类：可以分为肝内胆管结石和肝外胆管结石，左右肝管汇合部以下的肝总管和胆总管结石为肝外胆管结石，汇合部以上的为肝内胆管结石。