试管婴儿和普通婴儿最主要区别在于试管婴儿授精过程和胚胎发育最初阶段是在体外完成，而不是在体内完成。自然怀孕需要母亲的卵巢排卵之后，跟男方的精子在输卵管结合并受精，受精卵种植到子宫里，形成胚胎，并进一步发育。
试管婴儿需要通过超促排卵，使卵巢内多个卵泡发育，通过穿刺取卵，将女方卵子取出之后，跟男方的精子在体外形成受精卵，受精卵发育成第三天的胚胎，或者第5-6天的囊胚的时候，种植到女方子宫内，形成胚胎。因此，最主要区别就是受精过程，以及试管婴儿胚胎发育的最初阶段是在体外完成。