桥本甲状腺炎进行的是临床诊断，凡是中年女性缓慢发展的甲状腺肿大有结节，而且质地比较韧，应该怀疑。如果有典型的临床表现，只要甲状腺球蛋白抗体，或甲状腺微粒体抗体阳性就可以诊断。
临床表现不典型的时候，必须是甲状腺自身抗体滴度高才能诊断，如果有甲亢，高滴度的抗体持续半年以上，也同样应该临床怀疑。通过甲状腺超声如果反应弥漫性的改变，也可以帮助临床诊断桥本甲状腺炎，桥本甲状腺炎的超声改变和自身抗体之间并不一定平行。桥本状腺炎的诊断黄金标准是病理诊断，但是往往患者并不接受，桥本甲状腺炎往往预后良好，我们通常临床诊断桥本甲状腺炎。