肛门息肉病因较为复杂，目前无较为权威的流行病学研究。目前考虑可能与长期腹泻、长期便秘、遗传、炎症性疾病长期刺激有关。
1、长期腹泻：很多病人肠道黏膜容易过敏，例如饮酒、吃辣椒或油腻食物或海鲜后出现腹泻。有些病人会无有原因的出现腹泻，肠道黏膜出现慢性炎症，易导致肠道息肉生长。
2、长期便秘：便秘的病人经常是几天排便一次，导致直肠肛管黏膜出现慢性炎症，易生长息肉。
3、遗传：例如家族性息肉病就是一种遗传疾病。
4、炎症性疾病长期刺激：如溃疡性结肠炎、克隆恩病等疾病易出现息肉。