甲硝唑和阿莫西林可以一起服用，经常用于抗幽门螺杆菌的治疗。临床常用的抗幽门螺杆菌药物是抗溃疡的药物，如质子泵抑制剂、铋制剂等，单用抗幽门螺杆菌效果非常弱，一般需要联合应用抗菌药物，抗菌药物常用的是阿莫西林、甲硝唑、克拉霉素、呋喃唑酮等。因此，临床常用的三联、四联抗幽门螺杆菌药物中的抗生素，大多都是甲硝唑和阿莫西林。
幽门螺杆菌常寄于胃及十二指肠的黏液层和黏膜细胞之间，对黏膜产生损伤，引发溃疡。因此，幽门螺杆菌感染在消化性溃疡发病中，起着非常重要的作用，所以在抗酸治疗的同时，必须要根除幽门螺杆菌。