1、体格检查：检查外生殖器形态及第二性征发育情况，以判断是否为女性假两性畸形。若在腹股沟部、大阴唇或阴囊内扪及生殖腺则毫无例外为睾丸组织，仍不能排除真两性畸形。
2、实验室检查：进行基因检测(性染色体检查及染色体组分类)和内分泌相关检查(性激素、促性腺激素、激素受体、激素受体相关抗体等)。
3、生殖腺活检：对真两性畸形往往需通过腹腔镜检或剖腹探查取生殖腺活检，方能最后确诊。
4、影像学检查：B超、CT检查常可见双侧肾上腺增大或有占位。