乳头状腺瘤的治疗一般通过手术治疗切除病变，根据不同的部位，采取不同的手术，从而减轻疾病的症状、控制疾病发展。大多数患者一般需要1~3个月左右的时间进行治疗。
一、药物治疗
本疾病暂无针对性药物治疗。
二、手术治疗
1、小的乳头状腺瘤：可在内窥镜下，行高频电圈套摘除之。
2、直肠远侧乳头状腺瘤的处理：应在麻醉下，扩张肛管后，经肛门途径切除之，如果一次切除有困难，可分期分次切除之，如果病变范围极大，上述分期分次切除有困难时，应进行保留肛门括约肌的直肠切除术。对于局部切除的病例，由于直肠腔的限制，局部切除的范围可能不足够，有局部复发的可能性，应密切随访。
3、结肠或直肠中、上段乳头状腺瘤的处理：瘤体较大者应经腹前切除术。在结肠准备下，经腹部行局部肠段切除术，一般不宜行病变所在部肠壁局部切除。由于病变所占肠管范围广，这种局部肠壁大块切除，术后反易引起缝合处漏及肠腔狭窄，另外术后病理如有癌变，进一步处理就很困难。