开始时，局部使用广谱抗生素，确定致病菌属后，给予敏感的抗生素。根据病情的轻重，可以选择结膜囊冲洗、局部用药、全身用药和联合用药。切勿包扎患眼，可以佩戴太阳镜，以减少光线的刺激。超急性的细菌性结膜炎，治疗应在诊断性标本收集后，立即进行。当患眼分泌物多时，可以用无刺激性的冲洗液，如3%硼酸水，或生理盐水冲洗结膜囊。局部充分使用有效的抗生素滴眼液和眼药膏，急性阶段每1-2小时1次。目前常使用广谱氨基糖苷类和喹诺酮类药物，如0.3%妥布霉素、0.3%氧氟沙星、0.3%-0.5%左氧氟沙星滴眼液和眼药膏。特殊情况下，可以使用合成抗生素滴眼液。