除先天性和肿瘤病因外，肛瘘多是直肠肛管感染的结果。至于感染则有特异性和非特异性之分，前者包括肠结核、克罗恩病和放线菌病，后者则多是肛腺隐窝感染发展的结果。
一、主要病因
1、解剖结构特点：肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。瘘道弯曲或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘及瘘口不易愈合。直肠内有一定的压力，直肠感染物质，如粪便、气体可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是形成瘘道的原因。瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易积脓感染而难以愈合。
2、肛门直肠周围脓肿：肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。
3、感染：结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛管直肠瘘。
二、诱发因素
造成肛管直肠瘘的诱因很多与不良生活习惯有关：
1、上厕所时看书、看报，造成下蹲或排便时间延长，会导致肛门直肠内淤血而诱发疾病。
2、腹泻和便秘是肛肠疾病的重要发病因素。便秘是最大的祸根，直肠内长期滞留有毒物质不仅可诱发直肠癌，并且粪便堆积，影响血液循环，用力解出干燥粪块，必然会使肛门承受较大压力，产生淤血、肿胀、裂口等一系列病理改变。腹泻常是结肠疾病的临床表现，腹泻也能使肛门局部感染机会增多，产生肛窦炎、炎性外痔、肛周脓肿等疾病。
3、长期饮酒或喜食辛辣食品的人，饮酒和辛辣物可刺激消化黏膜，造成血管扩张，结肠功能紊乱，肛肠疾病的发病率会明显上升。
4、长期站立或久坐，因直立或静坐姿势，肛门直肠居人体下部，痔静脉回流不畅。