食管溃疡的治疗包括一般治疗、病因治疗、针对症状治疗和并发症治疗。针对病因的治疗是治疗食管溃疡的关键。治疗目的是迅速缓解症状、促进溃疡黏膜的修复、防治并发症。
一、一般治疗
患者应休息，舒缓情绪，避免刺激性饮食及过快、过烫饮食，戒烟、戒酒，避免饭后平卧。
二、药物治疗
食管溃疡病因复杂，针对不同病因采取的治疗方法不同。
1、对食管克罗恩病可给予美沙拉嗪或其他免疫抑制剂治疗，对食管溃疡给予激素、免疫抑制剂单用或联合治疗，对结核、病毒、真菌感染针对病原学给予相应治疗。胃食管反流病所致食管溃疡以抑酸、改善胃肠动力为主，药物所致食管溃疡大多停药后能自行缓解。
2、制酸治疗：酸性环境在食管溃疡发病中有一定的重要性，故改善黏膜周围酸性环境对治疗食管溃疡尤为重要。主要药物包括抑酸药(PPI、H2受体拮抗剂等)、中和胃酸药(铝碳酸镁、氢氧化铝等)、减少酸反流的药物(多潘立酮、莫沙必利、西沙比利等)、食管黏膜保护剂(胶体果胶铋、米索前列醇等)。部分患者应用抑酸药后仍有烧心、胸痛等不适，原因可能为嗜酸细胞性食管炎、食管黏膜高敏感性、非酸性物质反流入食管(如胆盐反流)、CYP2C19基因多态性等，应用食管电阻抗试验、pH监测、食管动力测定等方法可辅助判断。
三、手术治疗
食管溃疡主要的并发症有出血、狭窄和穿孔，内镜治疗是控制并发症的重要手段之一。对于出血，内镜下可给予注射肾上腺素或应用探针止血，必要时输血治疗。对于食管狭窄多采用内镜下球囊扩张术，食管穿孔可根据病情选择外科手术治疗、内镜下覆膜支架植入或保守治疗。如静脉营养、应用光谱抗生素、经CT或超声胸腔穿刺引流等。