长期腹泻的原因分为器质性疾病和功能性疾病。器质性疾病有分为全身疾病的胃肠道表现（比如：甲亢、糖尿病神经病变、淀粉样变性等）和肠道本身的疾病（比如：肠道菌群失调、伪膜性肠炎，溃疡性结肠炎、克罗恩病，肠结核，结肠癌，息肉病等）。引起长期腹泻的另一大类疾病为功能性疾病，也就是肠道功能紊乱，比如肠易激综合征、功能性腹泻等。