肛瘘的主要表现症状是局部道口流脓，脓液多少和肛瘘深度有关，通常造成局部瘙痒不适；瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重，炎症感染时有疼痛；大便时感到困难，有便意不尽的感觉。因为流脓造成肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。