三叉神经痛分为原发性的三叉神经痛和继发性的三叉神经痛。继发性的三叉神经痛可以找到一些原发的病因，从而导致疼痛的症状。常见的疾病有多发性硬化、延髓空洞症，或者一些原发性或转移性的肿瘤病变。原发性的三叉神经痛目前病因不明，有很多的争议。有学者认为，它是因为病变位于半月神经节到脑桥间部分被压迫所导致的疼痛症状。也有学者认为，它是一种感觉性的癫痫样发作，由于神经异常放电所导致。