肛瘘和肛周脓肿发作是密不可分的，形成肛瘘大致要经过四个阶段：第一个阶段：肛隐窝、肛门瓣感染发炎。第二个阶段：炎症逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎；第三个阶段：形成肛门直肠周围脓肿；第四个阶段：肛周脓肿自行破溃或经切开引流换药处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃疡却久不收口，腔壁已形成结缔组织增生的管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，形成肛瘘。