慢性肾衰竭的治疗是系统性的、综合性的。一般治疗包括限制蛋白质的摄入，是饮食治疗的重要环节，能够减少含氮代谢产物的生成，减轻症状及相关的并发症，延缓病情的进展。
但在限制蛋白质摄入的时候，也需要保证每日足够的热卡，推荐在慢性肾脏病三期以后，但没有透析的患者，每日摄入的蛋白质为0.6-0.8g/kg。
要治疗慢性肾衰竭的各种并发症，包括纠正代谢性酸中毒可以口服碳酸氢钠，采用多种降压药物来控制高血压，采用促红细胞生成素及补充铁剂来纠正贫血。
采用骨化三醇、碳酸钙、西那卡塞、碳酸镧等药物来纠正慢性肾脏病的肾性骨营养不良，肾衰竭进入终末期后还需要透析来进行肾脏替代治疗。