慢性非细菌性前列腺炎的发病机制复杂，而目前其治疗方式较为有限，包括药物治疗，如抗生素、抗炎药物、抗抑郁药、植物药等。还有中医药及针灸治疗、物理热疗治疗、生物反馈电刺激治疗等。
一、药物治疗
1、抗生素：在临床上，有40%的慢性非细菌性前列腺炎患者行抗生素治疗能治愈或部分缓解症状。常用药物包括左氧氟沙星、克拉霉素、美满霉素等。
2、植物药：常用药物包括柏诺特、舍尼通。其具有抗炎、消肿、解痉、抑制前列腺细胞生长的作用。
3、抗炎药物：吲哚美辛是最强氧化酶抑制药之一，抗炎作用较氢化可的松大2倍。
4、α1-受体阻滞剂：对于出现排尿困难、膀胱出口梗阻症状者，可以采用α-受体阻滞药松驰膀胱颈和前列腺平滑肌，改善排尿功能和后尿道高压状态，消除前列腺导管系统内尿流反应，进而改善或消除患者的症状。
5、骶管注射药物治疗：骶管注射通过阻滞骶神经，降低神经肌肉的兴奋性，从而舒张尿道平滑肌，降低尿道内压力，改善排尿困难，减少尿液反流，减轻前列腺炎症，通过阻断痛觉神经的传导，有效地缓解疼痛。
6、抗抑郁药：慢性非细菌性前列腺炎患者因为病程长，大都会出现焦虑、暴躁、抑郁等不良情绪。可选的抗抑郁药物包括西酞普兰、丙咪嗪、文拉法辛、舍曲林等，进行缓解。
二、手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。
三、物理治疗
物理热疗以高频超声以及激光照射两种较为常见。
1、高频超声是利用高频能量波引发机体组织、细胞共振，产生热量，使血管、肌肉舒张，促进新陈代谢，使前列腺内的代谢产物更快地排出。
2、激光照射则是用能量射线直接对治疗区域进行加热的办法达到此种效果。
四、中医治疗
1、中医认为湿毒瘀聚、血瘀不畅、肾乏阴虚是本病的致病原因，并认为血瘀不畅是引发诸多症状的标证，而肾乏阴虚才是诱病的根本。按照中医辨证论治的原则，可选用相应的药物改善标本，如木香、片姜黄等。
2、针灸可通过刺激神经感受器，削弱感受器对各类刺激的敏感性，缓解疼痛，通过刺激相关盆壁肌群，使逼尿肌舒张，刺激血管，活血化瘀，促进炎症物质吸收。另外还可抑制细胞分泌功能。
五、其他治疗
生物反馈是利用电流干扰神经递质的传递，使盆底肌肉及其他各个脏器恢复到正常生理活动水平的一种方法。舒缓盆底肌肉，使逼尿肌恢复至正常的活动水平，改善由此引发的功能性尿道梗阻，缓解尿频、尿急。