肛瘘不能自愈，不治疗的话会反复发作直肠肛管周围脓肿．因此必须手术治疗。手术之前需要先明确诊断，需要确定肛瘘内口，这是手术治疗关键步骤，例如瘘管造影、肛管超声、磁共振检查等，手术之前先抗感染治疗，手术治疗的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。